จากรูปแบบศัลยกรรมต่างๆทั้งหมด มีความเป็นไปได้ของผลข้างเคียงจากการทำศัลยกรรม อย่างไรก็ตาม ผลข้างเคียงซึ่งกระทบต่อสายตาอยู่ในอัตราต่ำ และ iLASIK เป็นหนึ่งในขบวนการซึ่งปลอดภัย ความเสี่ยงซึ่งมักประสบสูงสุดจากการทำศัลยกรรมเลเซอร์ตาคือ การติดเชื้อ จากข้อมูลวิจัยคลินิกของ LASIK โดยศึกษาจากคนไข้ 60,000 ราย มีรายงานเพียง 2 รายถึงสภาวะติดเชื้อ ซึ่งทั้งคู่สามารถรักษาโดยการใช้ยาปฏิชีวนะพร้อมผลลัพธ์ที่ดี
วิธีป้องกันการติดเชื้อที่ดี มีข้อแนะนำให้หลีกเลี่ยงนัยน์ตาสัมผัสกับน้ำประมาณ 2 สัปดาห์ การทำเลสิคผลข้างเคียงโดยมากอยู่ในอัตราต่ำ และไม่สร้างผลกระทบต่อการมองเห็นรวมถึงการแก้ไขสายตาที่ต่ำกว่า หรือสูงกว่าค่าสายตาจริง ทั้งการมัวในการมองเห็น (มีขอบเงา, แสงสะท้อน, แสงแตกกระจาย, ภาพซ้อน) ซึ่งรายงานปัญหามีต่ำกว่า 0.5 %
